2006年2月，根据中央建设创新型国家的总体战略目标和国家中长期科技发展规划纲要，结合中国科学院布局调整的要求，围绕深圳市实施创新型城市战略，中国科学院、深圳市人民政府、香港中文大学，在深圳市共同建立中国科学院深圳先进技术研究院（简称深圳先进院），定位于提升粤港地区及我国先进制造业和现代服务业的自主创新能力，推动我国自主知识产权新工业的建立，成为国际一流的工业研究院。

　　自建院伊始，深圳先进院实行的是中科院、深圳市、香港中文大学三方共建的理事会管理制度，依托引入的多位国际知名香港教授，成立了多个研究中心，为与香港地区的科技合作搭建了良好的平台，同时香港教授也在深圳先进院海外人才引进方面承担了智库作用。

　　目前在深圳先进院，由香港教授任中心主任并牵头组建的研究中心已达12个。香港各高校毕业生在深圳先进院就职的超过87人，大部分已经成长为深圳先进院科研与管理骨干。同时，根据科技部、基金委、中科院、地方政府科技部门的科技政策，深圳先进院梳理了香港教授申请境内科技项目的渠道，鼓励香港教授依托深圳先进院争取国家及省部地方项目。目前深圳先进院由香港教授作为课题负责人承担的科研项目80余项，总经费超过2.5亿元。

　　深圳先进院在中科院和地方政府的支持下，深港两地合作的科研项目得以顺利开展，并产生了一系列高水平的论文，截至2018年6月，与香港高校合作发表论文2300余篇。2006年至今，深圳先进院与香港高校合作主办、承办的大型国内国际会议30余场。

　　深圳先进院充分利用与香港中文大学共建的新型体制机制、地缘以及中科院良好的科研平台等多方面优势，引进多位香港知名教授来院工作。目前人才团队项目总经费1.64亿元，主要引进的高端人才均依托深圳先进院获得了国家或地方各类人才政策的支持。

　　2006年以来，深圳先进院与香港中文大学、香港大学合作共建了6个“中国科学院—香港地区联合实验室”，领域涉及材料、生物、自动化、人工智能、新能源等，产学研合作成果获各级科技主管部门一致好评，起到了对港合作的体制机制改革先锋示范和引领的作用。产学研合作成果丰厚，共累计开展合作研究项目近百项，联合申请项目总经费超亿元，合作发表SCI等高水平论文500篇以上。

　　2018年4月，在中国科学院与香港地区联合实验室的第五次评估工作中，参评的30个联合实验室中共有4个实验室获评“优秀”，8个实验室获评“良好”。其中，深圳先进院获评“优秀”的实验室有2个——“高密度电子封装材料与器件联合实验室”和“深港生物材料联合实验室”，获评“良好”的实验室有3个——“多媒体技术联合实验室”、“光伏太阳能联合实验室”、“精密工程联合实验室”，“机器人与智能系统联合实验室”通过评估认定为新增实验室。